Muskat, genellikle toz halinde tüketilen bir baharattır ve kullanımı oldukça dikkat gerektirir. Muskatın yoğun aroması ve potansiyel sağlık riskleri nedeniyle doğru şekilde kullanılması önemlidir. Genellikle yemeklerin pişirme sürecinde veya son aşamasında kullanılır. Örneğin, çorbalar, beşamel soslar, sebze yemekleri ve tatlılar gibi birçok yemeğe tat vermek için kullanılabilir. Ancak, muskatın güçlü aroması nedeniyle çok az miktarda kullanılması yeterlidir. Tipik olarak, bir çay kaşığı veya daha azı, bir yemeğe lezzet katmak için yeterlidir.
Muskat, çoğu zaman toz halde satılır ve yemeklerde kullanılmadan önce rendelenir veya öğütülür. Taze muskatın rendelenmiş formu daha yoğun bir aroma sağlar ve bazı yemeklerde tercih edilir. Ancak, muskatın aşırı tüketimi toksik etkilere yol açabileceğinden, ölçülü ve dikkatli kullanılması önemlidir.